La competencia entre las diferentes especies de moscas es otro de los factores que afectan el tamaño y la composición de las poblaciones de moscas.
El caso más notable es el de la mosca Hermetia negra, Hermetia illucens. Sus grandes larvas remueven el estiércol y lo convierten físicamente en menos apropiado para la supervivencia de las larvas de otras especies de moscas y para la deposición de huevos por la mosca doméstica común y otras moscas afines. El lento desarrollo de las larvas de la mosca Hermetia negrahace que se acumule un gran número de ellas en el estiércol.
Esta última puede resultar extremadamente abundante en el estiércol aviar (especialmente en las naves avícolas conocidas como de tipo alto o de fosa profunda) y en las fosas de estiércol porcino; en estos tipos de alojamiento animal puede convertirse en la principal especie de mosca.
Otra especie de mosca importante por la competencia que sostiene con la mosca doméstica común es la mosca negra de la basura o de los basureros (Ophyra spp.), cuyas larvas son depredadoras de otras larvas de mosca. Las Ophyra, como ocurre conla mosca Hermetia negra, se hacen a veces muy abundantes en los gallineros y porquerizas.
Otras especies de moscas raramente compiten entre sí lo suficiente como para que puedan ser consideradas como un factor importante en la determinación de los niveles de abundancia de moscas dentro y alrededor de las instalaciones de producción animal intensiva. Incluso una pequeña cantidad de estiércol o de otro material para la cría pueden sostener un gran número de larvas de moscas, y por lo general éstos se hallan disponibles en sobradas cantidades.
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