Además delclima general reinante en la zona y del particular en el interior de las instalaciones, el microclima del sustrato de cría es de suma importancia para determinar la tasa de desarrollo de las moscas y su abundancia.
El estiércol acumulado y otros sustratos de cría para las moscas (forraje ensilado, heno, pienso) generan considerable calor a causa de la fermentación y, por consiguiente, la temperatura en el sustrato de cría suele ser más elevada que la del aire circundante (tanto en interiores como en exteriores).
A mayor acumulación, mayor el calentamiento y tanto más amplio el margen de temperaturas in situ, de modo que las larvas de las moscas gozan de más oportunidades para hallar un hábitat adecuado para su desarrollo.
En el invierno de zonas septentrionales frías, el lento desarrollo de las larvas de mosca y la larga supervivencia de las pupas son la norma en el interior de las instalaciones de producción animal. Igual sucede en el exterior, en los montones de estiércol, forraje ensilado y heno.
En verano, la tasa de desarrollo de las moscas en el estiércol acumulado o en otro sustrato de cría resulta a menudo más rápida de lo que se presumiría a partir de los simples datos meteorológicos. Los sistemas de alojamiento en producción animal intensiva y la concentración de estiércol y piensos determinan un ambiente artificial protegido de los extremos climáticos y favorecedor de la cría de moscas.
Dado queel sistema de producción animal intensiva es una creación artificial del hombre, puede ser manipulado de modo que favorezca o dificulte la cría de moscas. La cobertura y protección de piensos (forraje ensilado, balas de heno, grano) frente a la humedad y el reducir al mínimo su fermentación, permite disminuir los hábitats deseables por las moscas para criar.
En este sentido, las prácticas de gestión pecuaria son uno de los principales factores determinantes de la abundancia de moscas.
