El estiércol es eliminado mediante sistemas de limpieza con chorro de agua a presión y/o raspado. Si los sistemas han sido diseñados adecuadamente y funcionan bien, la cría de moscas será eliminada en su mayor parte gracias a esa limpieza frecuente (cada uno o dos días).
Sin embargo, es corriente que estos sistemas dejen bolsas de estiércol intactas que favorecen la cría de moscas. Rincones, bordes y zonas que quedan debajo de cercas y vallas son otros tantos lugares inaccesibles al utillaje. Cables para el raspado rotos o una baja presión de agua hacen que estos sistemas automáticos fallen o realicen un trabajo incompleto de eliminación de estiércol. El proceso de formación de costras y endurecimiento del estiércol produce acumulaciones que no pueden ser eliminadas por el utillaje.
Con la retirada diaria o muy frecuente del estiércol, sobreviene el problema de su eliminación. Si el estiércol se esparce inmediatamente por los campos en forma de una capa fina y uniforme, no se dará cría de moscas. Sin embargo, si al esparcir el estiércol quedan terrones, entonces las moscas pueden acudir a ellos para criar.
La adición de agua para producir una mezcla semilíquida de estiércol facilita su dispersión, aunque esto puede ser causa de malos olores.
Otras opciones para la eliminación son su amontonamiento o su vertido a un estanque profundo para que experimente una descomposición anaeróbica.
Los montones de estiércol permitirán la cría de moscas, a menos que sean compactados y recubiertos (por ejemplo con plásticos) con el fin de generar una temperatura en su interior demasiado alta para la supervivencia de las moscas.
Un estanque adecuadamente diseñado y gestionado no permitirá la cría de moscas.
Sin embargo, si éste se sobrecarga con demasiado estiércol para su tamaño, pueden aparecer esteras flotantes de estiércol y otros detritos que permitirán la cría de moscas.
Una alternativa al desecho mediante vertido en un estanque exterior consiste en el vertido en una fosa con agua situada debajo del suelo donde se alojan los animales. Este es un método de uso común en las explotaciones porcinas con suelo de rejilla. Periódicamente la fosa debe ser limpiada o su contenido bombeado a un estanque exterior o esparcido sobre los campos.
