Además de los artrópodos, existen diversas especies de hongos entomopatógenos naturales que también afectan a las moscas.
Estos microorganismos se pueden encontrar tanto en sistemas de explotación ganadera intensiva como extensiva, y a diferencia de muchos de los artrópodos, crecen mejor en zonas húmedas.
Algunas especies tienen un amplio espectro de actividad (por ejemplo, Beauveria bassiana que puede infectar a muchas especies de insectos), mientras que otros hongos son más selectivos (por ejemplo, Metarhizium anisopliae y Paecilomyces fumosoroseus, que son más eficaces contra la mosca de la cara y la mosca del cuerno).
Además, algunas cepas de hongos son más activas que otras.
La mayoría de las especies solamente son activas contra las moscas adultas. Sin embargo, algunas especies también presentan una actividad limitada contra las larvas.
Algunos de los hongos mejor estudiados para el control de moscas en los sistemas de producción ganadera son Beauveria bassiana y Entomophthora muscae.
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