En el proceso de pupación tiene lugar una contracción general de la larva dentro de su propio tegumento, de modo que éste se convierte en un pupario cilíndrico de aproximadamente 6,3 mm de longitud.

A) Pupario ("envoltura pupal") mostrando restos de los espiráculos posteriores y anteriores del estadio larvario. B) Pupa que se desarrolla en el interior del pupario. C) Pupario después de que la mosca adulta ha emergido a través de la fisura anterior.
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El pupario va oscureciéndose gradualmente hasta adquirir un intenso color marrón oscuro. Dado que la envoltura pupal se forma a expensas de la piel de la larva, la pupa que hay en su interior se dice que es de tipo coartado (en el sentido de contraída o compactada).
La zona pseudocefálica queda completamente retirada, de forma que los procesos espiraculares anteriores quedan muy cerca del extremo anterior del pupario.
Los seudópodos locomotores persisten en la superficie ventral, aunque el pupario no es móvil.
Aparece un par oscuro de espiráculos pupales en la membrana conjuntiva entre los segmentos aparentes quinto y sexto, sobre el lado dorsal; éstos constituyen la única entrada de aire para la pupa.
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