Otra especie, F. femoralis (Stein) se encuentra a menudo en el estiércol animal y sus larvas se parecen a las de scalaris y canicularis.
Sin embargo, las larvas de F. femoralis presentan procesos posteriores laterales intermedios, en cuanto a su ramificación y a la longitud de la porción terminal, en comparación con los de scalaris y canicularis.
Para complicar más aún la identificación de las larvas, es extremadamente difícil distinguir F. femoralis de F. pusio (Weidemann), que también puede presentarse en las instalaciones de cría animal, aunque por fortuna es menos común.
Los adultos de F. femoralis y de F. pusio son en su mayor parte negros y mucho más pequeños que los de F. canicularis y F. scalaris y, por consiguiente, fácilmente distinguibles en su estadio adulto.
Aunque F. canicularis es en general la más común de las especies de Fannia en las instalaciones de producción animal intensiva, es importante asegurarse de que es esta especie la que está presente en el estiércol en una situación determinada.
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