Los cubículos y boxes presentan numerosos bordes y rincones. Esto, junto a las grandes cantidades de cama de paja impregnada de orina y heces, proporcionan un hábitat ideal para la cría de moscas.
La limpieza con herramientas manuales consume mucho tiempo y es difícil hacerla bien hecha.
Tanto los cubículos y boxes como los cobertizos abiertos deben estar provistos de agua y pienso (grano y heno), y los vertidos de éstos contribuyen a favorecer la cría de moscas en la cama de paja.
Cada caballo produce aproximadamente 14-16kg de estiércol al día lo que, combinado con la cama de paja y el pienso y agua derramados, ofrece amplias oportunidades para la cría de moscas.
La extracción frecuente de cama de paja contaminada de las cuadras de caballos plantea un problema de eliminación del estiércol. Si éste se apila, las pilas pueden generar grandes cantidades de moscas (a menos que se compacten y se cubran con plástico).
Los problemas de extracción a mano y ulterior eliminación del estiércol de los alojamientos de ovejas y cabras son similares a los que presentan las cuadras de caballos, aunque la limpieza en los primeros es mucho menos frecuente.
Las ovejas y las cabras pasan más tiempo durmiendo y comiendo en los cobertizos abiertos que los caballos, creando por tanto un problema algo mayor por las moscas que crían en la cama de paja contaminada con estiércol y orina.
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